В центре сюжета дорамы «Ночной цветок» история Чо Е Хва. Она вышла замуж за Чжона, сына Сок Чжи Сена, министра левой руки, однако торжественный день обернулся скорбью. Потеряв супруга, женщина ведет приличную тихую жизнь, общаясь со свекровью Ю Гым Ок, свояченицей Чжэ и слугой семьи Бонгом Малдэком. Ночью она преображается — надев маску, помогает людям.
Судьба сталкивает ее с Пак Су Хо, офицером, проводящим секретное расследование. Второй раз пара встретилась, когда аристократка отправилась в бедную деревню, бросилась спасать старушку и потеряла сознание, а мужчина помог обеим. Выясняется, что он собирает сведения о причастности Кан Пильджика в торговле людьми.
Затем найден труп Ен Хен Джиба, министра налогообложения. Несколько дней назад он общался с невесткой Е Пан и снохой Дык. Странно, но цветочные ароматы на одеждах убитого и следователя идентичны.